Wiele z projektów badawczych realizowanych w Instytucie prowadzonych jest we współpracy z partnerami zewnętrznymi, zarówno przedsiębiorstwami jak też i innymi instytucjami badawczymi. Współpraca ta realizowana jest zarówno w ramach projektów wykonywanych na zamówienie instytucji przemysłowych (zarówno firm polskich jak też i koncernów międzynarodowych) oraz w ramach konsorcjów badawczych, w tym w szczególności w Programach Ramowych Komisji Europejskiej oraz we współpracy z instytucjami międzynarodowymi (m.in. ONZ).

Ważniejsze projekty Instytutu z ostatnich lat:

Projekty finansowane przez NCBIR

• Program Strategiczny: Utworzenie uniwersalnej, otwartej, repozytoryjnej platformy hostingowej i komunikacyjnej dla sieciowych zasobów wiedzy dla nauki, edukacji i otwartego społeczeństwa wiedzy, 2010-2014.

Projekty dla QubicGames Sp. z o.o.

• Cross Way - Opracowanie, rozwój i wdrożenie technologii wspierającej tworzenie gier wieloplatformowych 2D i 3D oraz zarządzanie zasobami projektów cross-patform, 2012-2013.

Projekty dla Telekomunikacja Polska S.A.

• Tworzenie konwergentnych usług Web Services/Telco w oparciu o sieć TP/Orange w ramach projektu Open Middleware 2.0 i API Telco 2.0., 2012-2013.
• Automatyzacja budowy reguł semantycznych na potrzeby usług głosowych FT i TP z rozpoznawaniem mowy w języku naturalnym, 2009-2010.
• Analiza wykonalności narzędzi i przeglądu technik odkrywania  i kompozycji usług przez systemy wieloagentowe z uwzględnieniem obsługi zapytań w języku naturalnym, 15.12.-30.12.2009.

Projekty dla SOFTMAN S.A.  

• Analiza architektur autonomicznych agentów, opracowanie metodyki modelowania struktur, 2013-2014;
• Analiza granularności autonomicznych agentów, rekomendacja wzorców projektowych budowania hierarchii agentów, modelu komunikacji oraz dystrybucji informacji i decyzji, 2013-2014;
• Badania nad przetwarzaniem strumieni danych w czasie rzeczywistym, analiza porównawcza i rekomendacja technologii w kontekście analizy finansowej w czasie bieżącym, 2013-2013.

Projekty dla Comarch S.A., Poland  

• Rozbudowa systemu Weblis na potrzeby biblioteki Instytutu Badań Leśnictwa, 2013-2013.

Projekty dla SAMSUNG  ELECTRONICS POLSKA

• Automatyczne porównywanie wyników renderingu przeglądarek internetowych , 2010-2011
• Adaptacja technik symulacji błędów do udoskonalania systemów mobilnych firmy Samsung, 2010-2011;
• Infrastrukturalne zastosowanie bogatego internetu dla urządzeń mobilnych i aplikacji Wikipedi, 2008- 2009.

Projekt dla France Telecom RTD

• Text Mining Platform Supporting Ontology Building and Maintenance, 2005 - 2007.

 Projekty dla ONZ

• Design and build of a new WWW-ISIS for both Windows and Linux, December 2009 - 30 November 2010. Collective project for FAO;
• A visualization platform for "assessment landscape" and statistical analyses for the UNEP's system PEARL, June 2007, UNEP.

Projekty w ramach FP6

• AMI-SME - Analysis of Marketing Information for Small-and Medium size Enterprises
• KNOW IT - The innovative Pathfinder, an IT-solution guide to support innovation processes in SME

Instytut Informatyki prowadzi też wiele prac w ramach grantów ministerialnych, rektorskich i dziekańskich.